Com a grande exposição do cirurgião-dentista e demais funcionários da clínica a uma grande variedade de microorganismos oriundos de sangue e saliva dos pacientes, tem-se tido uma grande preocupação com a biossegurança dos clientes. Entre um atendimento e outro, deve acontecer a desinfecção do ambiente do consultório e dos equipamentos odontológicos utilizados. Isto porque todas as partes do equipamento tocadas antes, durante e após o atendimento podem ser focos de infecção, como por exemplo, interruptor do refletor, comando da cadeira, seringa tríplice, sugador, micro-motor, alta rotação e outras peças e equipamentos.
Para que a desinfecção aconteça de forma eficaz é necessário, inicialmente, que seja realizada a limpeza, que pode ser definida como sendo a remoção física dos detritos ou fluídos orgânicos coagulados (carga orgânica), das superfícies do consultório. Apenas esta remoção reduz muito a quantidade de microorganismos, pois eles ficam aderidos á matéria orgânica removida da boca do paciente através do sangue, saliva ou pela mão do profissional. O ambiente de trabalho deve ser limpo através de fricção com água e sabão. A freqüência para a realização desse procedimento varia de acordo com a superfície, podendo ocorrer logo após sua utilização, ou duas vezes ao dia após o período de trabalho.